ZIPI分析

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ZIPI分析

寻找微生物关联网络中的关键物种

丰度表:

制表符分隔的文本文件表格；第一行应包含样本名，唯一(不可重复)；第一列为组学feature名(如微生物，代谢物，基因，表型名)，唯一(不可重复)；列名中不能包含空格,请确保样本名在关联数据文件中存在由于该分析资源消耗较大且运行时间较长，建议选择重要的物种、功能或基因进行分析。每次输入的物种、功能或基因数量上限为6000个。

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feature分组表:

制表符分隔的文本文件表格；第一列为样本名，唯一(不可重复)；请仔细检查列名，内容中不能包含空格, 对丰度表的第一列列名(组学feature名)进一步分类

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微生物群落数据相关网络计算的方法:

spearman方式一般要求至少20个样本且数据可能不服从正态分布或存在异常值时;当数据存在较多相同值或希望捕捉非线性单调关系时，选择Kendall;当数据服从正态分布并且希望捕捉线性关系时，选择Pearson

pearson

筛选前N个:

按丰度筛选 OTU 表。提取OTU的前N个相对丰度。

r阈值: