批次效应校正

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批次效应校正

基于limma 包和 sva包校正批次效应

丰度表:

制表符分隔的文本文件表格；第一行应包含样本名，唯一(不可重复)，与分组信息表第一列相对应(顺序可以不一样)；第一列为组学feature名(如微生物，代谢物，基因，表型名)，唯一(不可重复)；丰度表

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分组信息表:

制表符分隔的文本文件表格；第一列为样本名，唯一(不可重复)；参考格式见示例文件, 内容是数字字母下划线的组合

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缺失值填充:

Quantile normalization:

Quantile Normalization (分位数标准化) 可以将样本间的不同分布映射到同一种分布，从而消除分布差异便于样本间的比较

log1p(x)变换:

计算1+x的精确自然对数

combat Parametric estimate method:

经验贝叶斯先验分布估计方法，可以是参数的，也可以是非参数的。noparameter不做任何先验假设，因此运行时间要很久。

noparameter

parameter

任务备注:

0-20个字母，数字，下划线或汉字的组合

任务完成时发邮件提醒我

使用说明

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