βNTI/Rcbray群落结构构建

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βNTI/Rcbray群落结构构建

基于R中的iCAMP包，使用βNTI/RCbray指标计算微生物群落随机性和确定性。 βNTI值可以用于判断 community组成变化是否为决定性过程主导。当-2 < βNTI < 2时,表示community组成变化过程主要受随机过程影响,包括遗传漂变、分布限制和均匀扩散等因素。此时,可以利用RCbray-curtis指数来进一步判断随机过程的具体来源

OTU/ASV表:

ASV(OTU)丰度表的第一列应该为ASV或OTU的ID；列名应该是样本名；丰度应为正整数，推荐使用抽平（rarefied）后的丰度，也可以是绝对丰度（序列数）; 由于该分析消耗大量资源且运行时间较长，建议您选择重要的物种、功能或基因进行分析。每次输入的物种、功能或基因数量上限为6000个。

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分组文件:

制表符分隔的文本文件表格；第一列为样本名，唯一(不可重复)；列名中不能包含空格，第二列指定分组

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进化树文件:

推荐使用newick格式的

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任务备注:

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