LEfSe

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LEfSe

寻找在分组之间有显著差异的生物学标志物

数据输入和处理

LEfSe输入文件:

制表符分隔的文本文件表格；第一行为样本名，唯一(不可重复)；第二行为样本所属分组；第一列为组学feature名(如微生物，代谢物，基因，表型名)，唯一(不可重复)；微生物名中不同分类水平用“|”隔开

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输入文件预览和编辑

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标准化缩放因子:

设置为-1表示不进行标准化。LEfSe会对所有样本计算相对丰度后, 乘以这个缩放因子。缩放因子会影响LEfSe结果, 缩放因子越大, 倾向于获得更大的LDA值。通常固定为1000000, 以保证LDA的跨研究可比性, 否则, 通常的LDA筛选标准(LDA>2), 可能不适用于本次分析结果, 只能在本次分析结果内, 对feature的重要性排个序

分组对应颜色:

————暂无分组————

LDA阈值:

LDA阈值一般介于2到4之间，越大越严格

cladogram图注设置

开始标注水平:

cladogram图中，开始标注分类名的水平, 在物种分类中, 1,2,3,4,5,6,7分别对应界,门,纲,目,科,属,种

停止标注水平:

cladogram图中，停止标注分类名的水平

开始图例标注的水平:

cladogram图中，开始用字母+图例的方式(否则直接在图中标注)标注分类名的水平

停止图例标注的水平:

cladogram图中，停止用字母+图例的方式标注分类名的水平

任务备注:

0-20个字母，数字，下划线或汉字的组合

任务完成时发邮件提醒我

使用说明

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