使用FAMSA对fasta格式的多序列数据进行比对，使用R语言ggmsa包进行结果可视化，其结果用于分析多条蛋白质序列（或DNA，RNA）之间的同源性，比较序列差异，推断序列进化历史和进化方式(突变/插入缺失/倒置等)。