多组学联合分析

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多组学联合分析

将宏基因组、真核转录组、代谢组等丰度数据进行预处理生成关联热图所用表格

选择制作差异丰度表所需数据:

Lefse

Lefse结果表格:

根据物种组间差异Lefse_LDA2_LDA或Lefse_LDA4_LDA结果的txt表格,为制作物种差异丰度表所需

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Lefse物种丰度表格:

根据种或属的物种丰度结果的txt表格,为制作物种差异丰度表所需

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选择制作差异丰度表所需数据:

OPLSDA

OPLSDA结果表格:

在代谢组组间差异结果OPLS-DA中挑选包含对应样本的txt表格,为制作代谢物差异丰度表所需

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OPLSDA代谢物含量表格:

根据代谢组结果中的代谢物含量表格,为制作代谢物差异丰度表所需

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FDR值:

根据FDR(假阳性发生率)筛选oplsda结果,常用值:0.05,0.01

VIP值:

根据VIP(变量投影重要性)筛选多变量分析oplsda结果,默认筛选VIP>1,少数情况下可进行调整为VIP>0.8

丰度表中最相关的feature个数上限:

会选取相关程度最高的features绘图(首先根据显著的环境因子个数排名，然后根据显著的p值大小排名)