物种来源分析 SourceTracker

ShiLiQiYeBioincloud{示例企业}生科云

追踪微生物来源或者微生物污染源的软件SourceTracker, Knights 等人的 2011 年的研究, DOI: 10.1038/nmeth.1650

丰度表:

丰度表的每个数字应为整数, 且大于等于0

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分组信息表:

首行应该指定两列，分别是 'SourceSink' 和 'Env'。目标样本被定义为Sink,而微生物污染源或来源的样品则被定义为Source;其中Sink组要求,每组≥2例样本

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sink_rarefaction_depth:

稀疏化sinks的深度, 非负数, 可能需要调整

smoo_env:

每个特征在未知 env中的先前计数,以当前评估的汇点计数为基础的比例。较高的值使得“未知”环境更加平滑,并且在给定训练样本的情况下更不容易过拟合

source_rarefaction_depth:

稀疏化sources的深度, 非负数, 可能需要调整

alpha1:

训练环境中每个功能的先前计数。较高的值会降低对训练环境的信任，并导致源环境在分类群上的分布更平滑。 0.001 表示在所有源环境中（包括具有少量训练序列的环境）中的可信度相当高。更保守的值是 0.01

任务备注:

0-20个字母，数字，下划线或汉字的组合

任务完成时发邮件提醒我

使用说明

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