ShiLiQiYeBioincloud{示例企业}生科云
关键词1
标语1.........(这是一段可以配置的话)
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edgeR/DESeq2挑选差异features
使用gene_count.xls作为输入表, 用DESeq2(有生物学重复)或edgeR(可无生物学重复)方法挑选差异表达基因(DEG), 用于后续Venn图，热图，富集分析，PPI等, 详情可点击真核有参转录组结题报告查看
丰度表:
制表符分隔的文本文件表格；第一行应包含样本名，唯一(不可重复)，与分组信息表第一列相对应(顺序可以不一样)；第一列为组学feature名(如微生物，代谢物，基因，表型名)，唯一(不可重复)；丰度应为正整数（如序列数），不要预先做丰度标准化和校正，DESeq2有自己的校正方法
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分组信息表:
制表符分隔的文本文件表格；第一列为样本名，唯一(不可重复)
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实验设计
参与构建模型的分组方案:
如果您不了解广义线性模型的构建，请保持该参数和‘比较的分组方案’一致。选中的分组方案将作为固定效应放在模型中。请保证参与构建模型的各个分组方案间不存在线性相关，否则效应矩阵不满秩，不可逆，模型将无法求解(结果为空)
考虑互作效应:
如果您不了解广义线性模型的构建，建议不开启。开启该参数后，模型中将加入各个固定效应的每种组合的互作。如‘参与构建模型的分组方案’选了A，B，C，开启该参数的最终模型为～A+B+C+A:B+A:C+B:C+A:B:C
比较的分组方案:
计算FoldChage，画火山图的分组方案。该方案必须包含在‘参与构建模型的分组方案’中
实验组:
计算Fold Change时作为分子
对照组:
计算Fold Change时作为分母
基因筛选
基因最小检出率:
默认筛除检出率(count不为0的比例)小于0.25的基因，这些基因通常不服从分析模型的数据分布假设，因而不适合做差异分析
挑选方法:
Log2FoldChange阈值:
此处为Log2FoldChange绝对值阈值
限制差异基因集的Log2FoldChange符号:
挑选差异基因集时: up要求Log2FoldChange > 阈值; down要求Log2FoldChange < -阈值; both则不限符号, 要求 Log2FoldChange绝对值 > 阈值;该参数可用于筛选仅上调或仅下调的基因集, 用于后续富集分析
校正p值:
开启该参数后，将使用校正后的p值挑选差异表达基因
p值阈值:
图片调整
火山图中标注名字/ID的基因个数上限:
只标注最显著(p值最小)的基因
火山图中点的颜色:
任务备注:
0-20个字母，数字，下划线或汉字的组合
任务完成时发邮件提醒我
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