edgeR/DESeq2挑选差异features

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使用gene_count.xls作为输入表, 用DESeq2(有生物学重复)或edgeR(可无生物学重复)方法挑选差异表达基因(DEG), 用于后续Venn图，热图，富集分析，PPI等, 详情可点击真核有参转录组结题报告查看

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丰度表:

制表符分隔的文本文件表格；第一行应包含样本名，唯一(不可重复)，与分组信息表第一列相对应(顺序可以不一样)；第一列为组学feature名(如微生物，代谢物，基因，表型名)，唯一(不可重复)；丰度应为正整数（如序列数），不要预先做丰度标准化和校正，DESeq2有自己的校正方法

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分组信息表:

制表符分隔的文本文件表格；第一列为样本名，唯一(不可重复)

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基因筛选

基因最小检出率:

默认筛除检出率(count不为0的比例)小于0.25的基因，这些基因通常不服从分析模型的数据分布假设，因而不适合做差异分析

挑选方法:

DESeq2

edgeR

Log2FoldChange阈值:

此处为Log2FoldChange绝对值阈值

限制差异基因集的Log2FoldChange符号:

挑选差异基因集时: up要求Log2FoldChange > 阈值; down要求Log2FoldChange < -阈值; both则不限符号, 要求 Log2FoldChange绝对值 > 阈值;该参数可用于筛选仅上调或仅下调的基因集, 用于后续富集分析

both

校正p值:

开启该参数后，将使用校正后的p值挑选差异表达基因

p值阈值:

图片调整

火山图中标注名字/ID的基因个数上限:

只标注最显著(p值最小)的基因

火山图中点的颜色:

down

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任务备注:

0-20个字母，数字，下划线或汉字的组合

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使用说明

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